awtk

type Evidence struct {
	Id         int       `json:"id"`
	Phenotype  string    `json:"phenotype"`
	Model      string    `json:"model"`
	Unit       string    `json:"unit"`
	Population string    `json:"population"`
	Variants   []Variant `db:"-" json:"variants"`
}

type EvidenceError struct {
	Msg string
}

type Genome struct {
	Id          int    `json:"id"`
	FilePath    string `json:"filePath" form:"filePath"`
	SampleName  string `json:"sampleName"`
	SampleIndex int    `json:"sampleIndex"`
}

type GenomeError struct {
	Msg string
}

type Genotype struct {
	Chrom     string   `json:"chrom"`
	Position  int      `json:"position"`
	SnpId     string   `json:"snpId"`
	Genotype  []string `json:"genotype"`
	Alleles   []string `json:"alleles"`
	Reference string   `json:"reference"`
}

type Genotypes struct {
	SampleName string     `json:"sampleName"`
	Genotypes  []Genotype `json:"genotypes"`
}

type Location struct {
	// contains filtered or unexported fields
}

type Sequence struct {
	Chrom      string   `json:"chrom"`
	Start      int      `json:"start"`
	End        int      `json:"end"`
	Reference  []string `json:"reference"`
	Haplotype1 []string `json:"haplotype_1"`
	Haplotype2 []string `json:"haplotype_2"`
}

type Variant struct {
	Id            int     `json:"-"`
	EvidenceId    int     `json:"-"`
	Name          string  `json:"name"`
	CriteriaBySnp string  `json:"criteriaBySnp"`
	CriteriaByLoc string  `json:"criteriaByLoc"`
	EffectSize    float64 `json:"effectSize"`
	Effect        string  `json:"effect`
	Reference     string  `json:"reference"`
}